Je me demandais, si par exemple, le mec en face de moi fait un effet, genre 4000 de dégâts à un de mes avant, je contre en détruisant sa carte, l'effet de sa carte reste dans la pile ?

Tout effet, une fois activé, reste dans la pile, mais ça ne veut pas dire qu'il sera forcément effectif si par exemple une condition de ciblage n'est plus remplie.
Dans ce cas-ci, en l'occurence, la source de l'effet sera détruite, mais pas l'effet qui aura bien lieu.